|
| |
|
|
Modelování dynamiky buněčných kolonií
Bělehrádek, Stanislav ; Škutková, Helena (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Obsahem diplomové práce je popis intracelulárních procesů zodpovědných za řízení buněčného cyklu a reakce buněk na vnější i vnitřní podněty. Popsány jsou důležité signální dráhy a metody, kterými je lze simulovat in silico. Z popsaných buněčných dějů je vytvořen model buněčného cyklu, který je implementován do nástroje naprogramovaném v C++ s využitím OpenGL pro vizualizaci. Model je otestován pro různé buněčné procesy a pro růst buněk HeLa. Výsledky jsou nakonec porovnány s chováním živých buněk.
|
|
|
Morfologická, imunohistochemická a molekulární analýza leiomyocelulárních nádorů ženského pohlavního systému
Gregová, Mária ; Dundr, Pavel (vedoucí práce) ; Mandys, Václav (oponent) ; Škarda, Jozef (oponent)
Úvod Leiomyom s bizarními jádry (LBN) a celulární leiomyom (CL) patří mezi vzácné varianty hladkosvalových nádorů dělohy. V diagnostické praxi může u LBN dojít k záměně s leiomyosarkomem (LMS) a u CL hlavně s low grade endometriálním stromálním sarkomem (LG ESS). Při stanovení diagnózy je nutné pečlivé zhodnocení morfologických znaků, v některých hraničních případech nám může pomoct imunohistochemické a molekulární vyšetření. Literární data týkající se molekulárně genetických alterací vyskytujících se u LBN a CL jsou limitovaná, ukazuje se však, že část těchto nádorů sdílí některé aberace s klasickými leiomyomy (UL) a LMS. Cíle Cílem práce je prohloubení znalostí o hladkosvalových nádorech dělohy, zejména LBN a CL, jejich komplexní morfologické, imunohistochemické (IHC) a molekulární zhodnocení. Cíle zahrnují: 1) podpoření hypotézy benigního chování LBN, 2) morfologickou analýzu LBN, 3) bližší ozřejmění tumorigeneze LBN se zaměřením na gen FH, 4) ozřejmění tumorigeneze CL, 5) využití IHC protilátky FH jako screeningové metody k identifikací mutací genu FH, 6) využití morfologického zhodnocení a výsledků IHC vyšetření k usnadnění diferenciálně diagnostické rozvahy mezi benigními a maligními hladkosvalovými nádory, a dále mezi nádory jiné histogeneze, 7) IHC analýzu prognosticko-prediktivních...
|
|
|
Role of intestinal circadian clock in epithelial transport, proliferation, and tumourigenesis
Soták, Matúš ; Pácha, Jiří (vedoucí práce) ; Bendová, Zdeňka (oponent) ; Herichová, Iveta (oponent)
AABBSSTTRRAAKKTT Molekulárne cirkadiánne hodiny umožňujú predvídanie zmien v okolitom prostredí. U cicavcov sú molekulárne hodiny prítomné prakticky vo všetkých tkanivách a tvorí ich sústava transkripčno-translačných spätnoväzbových slučiek tzv. hodinových génov. Centrálne hodiny predstavujú vnútorný pacemaker, ktorý sa nachádza v suprachiazmatických jadrách (SCN) hypotalamu a synchronizuje periférne hodiny. Cirkadiánne hodiny v tráviacom trakte a ich podiel na regulácii črevných funkcií sú nedostatočne preskúmané. Preto bolo cieľom tejto práce charakterizovať molekulárne hodiny v jednotlivých častiach čreva potkana a objasniť ich úlohu v regulácii epiteliálneho transportu, bunkového cyklu a nádorovej transformácie v hrubom čreve. Na stanovenie cirkadiánnych profilov expresie hodinových génov v epiteli duodena, jejuna, ilea a hrubého čreva potkana sme použili kvantitatívnu RT-PCR (qPCR). Ďalej sme analyzovali expresiu génov kódujúcich transportéry a kanály umožňujúcich transport NaCl, ako aj regulátorov bunkového cyklu v hrubom čreve. Na detailnejší popis expresie v rámci štruktúr črevného epitelu sme použili laserovú mikrodisekciu. Elektrogénny transepiteliálny transport bol meraný ako skratovací prúd v Ussingových komorách. Na určenie úlohy hodín v procese tumorigenézy sme použili myší model azoxymetánom...
|
|
|
Srovnání morfologie, exprese, epigenetických změn a mutací HNF1B v solidních nádorech a nenádorových lézích.
Bártů, Michaela ; Dundr, Pavel (vedoucí práce) ; Mandys, Václav (oponent) ; Škarda, Jozef (oponent)
Úvod HNF1B je tkáňově specifický transkripční faktor, který hraje zásadní roli v embryonálním vývoji celé řady orgánů, zejména ledvin, gastrointestinálního systému, pankreatu a žlučových cest. Zatímco význam HNF1B pro vznik vývojových malformací ledvin a dalších orgánů již byl poměrně dobře popsán, jeho uplatnění v patogenezi solidních nádorů dosud nebylo objasněno. Dle dostupných dat se ukazuje, že HNF1B se v závislosti na různých typech nádorů pravděpodobně může na procesu karcinogeneze podílet buď jako onkogen, nebo jako tumorsupresor. Přesný mechanismus, jakým tuto svoji roli uplatňuje, ovšem není jasný. Cíle: Práce je zaměřená na prohloubení znalostí o významu změn HNF1B u vybraných solidních nádorů i nenádorových lézí. Jednotlivé cíle zahrnují: 1) objasnění role, kterou HNF1B hraje v patogenezi těchto lézí, 2) zhodnocení možného významu HNF1B pro diferenciální diagnostiku jednotlivých lézí, 3) analýzu možného prognostického a prediktivního významu HNF1B, 4) mutační analýzu genu HNF1B u všech nádorových i nenádorových tkání s cílem identifikovat dosud nepopsané somatické patogenní mutace, 5) metylační analýzu promotoru genu HNF1B. Materiál a metody: Imunohistochemické vyšetření s protilátkou proti HNF1B bylo provedeno u celkem 516 vzorků nádorové a nenádorové tkáně. Mutační analýzy zahrnovaly...
|
|
|
Exprese lncRNA MIAT v nádorových buňkách
Jursová, Pavlína ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Sztacho, Martin (oponent)
V mnoha případech bylo prokázáno, že lncRNA jsou významnými regulátory genové exprese a tudíž jsou často zapojeny do různých biologických funkcí a patologických procesů včetně nádorového onemocnění. MIAT (myocardial infarction associated transcript) je jednou z dlouhých nekódujících RNA, která byla poprvé identifikována v roce 2006 a původně izolována jako hlavní gen zapojující se do infarktu myokardu. Tato lncRNA se významně zapojuje do vývoje několika dalších onemocnění jako je například diabetická retinopatie, schizofrenie či mikrovaskulární dysfunkce. Ovšem MIAT byla identifikována také v mnoha maligních nádorech jako karcinogenní regulátor. Několik studií již publikovalo, že umlčením MIAT lze docílit snížení buněčné životaschopnosti, proliferace a schopnosti invaze a současně podpořit buněčnou senescenci a apoptózu nádorových buněk. Proto je považována za potenciální biomarker a terapeutický cíl u nádorových onemocnění. MIAT se zapojuje do buněčných procesů různými mechanismy. Je schopna regulovat alternativní sestřih, genovou expresi či fungovat mechanismem ceRNA a ovlivňovat tak biologické procesy související se vznikem nádorů. Součástí této práce bylo i vyšetření relativní exprese MIAT v buněčných liniích Ewingova sarkomu, kde byla zjištěna vyšší exprese.
|
|
|
Role of intestinal circadian clock in epithelial transport, proliferation, and tumourigenesis
Soták, Matúš
AABBSSTTRRAAKKTT Molekulárne cirkadiánne hodiny umožňujú predvídanie zmien v okolitom prostredí. U cicavcov sú molekulárne hodiny prítomné prakticky vo všetkých tkanivách a tvorí ich sústava transkripčno-translačných spätnoväzbových slučiek tzv. hodinových génov. Centrálne hodiny predstavujú vnútorný pacemaker, ktorý sa nachádza v suprachiazmatických jadrách (SCN) hypotalamu a synchronizuje periférne hodiny. Cirkadiánne hodiny v tráviacom trakte a ich podiel na regulácii črevných funkcií sú nedostatočne preskúmané. Preto bolo cieľom tejto práce charakterizovať molekulárne hodiny v jednotlivých častiach čreva potkana a objasniť ich úlohu v regulácii epiteliálneho transportu, bunkového cyklu a nádorovej transformácie v hrubom čreve. Na stanovenie cirkadiánnych profilov expresie hodinových génov v epiteli duodena, jejuna, ilea a hrubého čreva potkana sme použili kvantitatívnu RT-PCR (qPCR). Ďalej sme analyzovali expresiu génov kódujúcich transportéry a kanály umožňujúcich transport NaCl, ako aj regulátorov bunkového cyklu v hrubom čreve. Na detailnejší popis expresie v rámci štruktúr črevného epitelu sme použili laserovú mikrodisekciu. Elektrogénny transepiteliálny transport bol meraný ako skratovací prúd v Ussingových komorách. Na určenie úlohy hodín v procese tumorigenézy sme použili myší model azoxymetánom...
|
|
|
Zvýšená AID aktivita jako zdroj genomické nestability v klinicky relevantních nádorech
Vaníčková, Karolína ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Macůrek, Libor (oponent)
AID je člen rodiny mutačních enzymů APOBEC. Deaminací cytosinu na uracil generuje v ssDNA nekomplementární U:G páry, které podléhají opravě chybovými DNA reparačními mechanismy. V B buňkách tak zvyšuje mutační nálož Ig lokusů v rámci reakce somatické hypermutace během afinitní maturace imunoglobulinů (Ig). Dále pomocí indukce dvouřetězcových zlomů umožňuje rekombinaci Ig během izotypového přesmyku nebo primární diverzifikaci Ig pomocí templátové genové konverze u některých druhů obratlovců. Při nedostatečné regulaci těchto indukčních a reparačních procesů získává AID tumorigenní potenciál a stává se zdrojem genomické nestability u nádorů. V epiteliálních tkáních je exprese AID aktivovaná prozánětlivými cytokiny pomocí kanonické dráhy NF-B. Původci jsou jak exogenní zdroje (Helicobater pylori nebo HCV), tak endogenní zdroje (žlučové kyseliny), i fyziologické procesy, například ovulace. Proto může být AID pojítkem mezi zánětem a nádory. Ve většině dokumentovaných případů se AID podílí na iniciaci tumorigeneze. Ektopická exprese AID v myších modelech vede ke vzniku karcinomů plic, jater, žaludku, orálních karcinomů a melanomů, v dalších případech se podílí také na epiteliálně-mezenchymálním přesmyku. V případech CML a adenokarcinomů plic je AID zodpovědná za progresi onemocnění a je zdrojem získané...
|
|
|
Role of Rad18 in genome stability
Palek, Matouš ; Macůrek, Libor (vedoucí práce) ; Šolc, Petr (oponent)
Rad18 je ubikvitin ligáza, která je známá pro svou funkci v dráze tolerance DNA poškození. V minulosti byla intenzivně studována především její účast v translézní DNA syntéze, což je jedna ze dvou drah umožňující toleranci DNA poškození. V nedávné době bylo ukázáno, že se Rad18 také účastní oprav dvouřetězcových zlomů DNA v savčích buňkách. Funkce proteinu Rad18 se tak jeví jako velice důležitá, neboť jak oprava dvouřetězcových DNA zlomů, tak tolerance DNA poškození jsou nepostradatelné pro zachování stability genomu. V této práci představuji funkci Rad18 v toleranci DNA poškození, které je zprostředkováno dvěma drahami, translézní DNA syntézou a replikací s dočasnou změnou templátu. Poté shrnuji současné poznatky o roli Rad18 v opravě dvouřetězcových zlomů. Nakonec se věnuji potenciálnímu přispění deregulace Rad18 k lidským nádorovým onemocněním, neboť ztráta integrity genomu je důležitý faktor umožňující tumorigenezi. Klíčová slova: Rad18, stabilita genomu, oprava dvouřetězcových DNA zlomů, tumorigeneze, tolerance DNA poškození, translézní DNA syntéza, replikace s dočasnou změnou templátu.
|
|
|
Important mechanisms of tumorigenesis and their role in chemoresistance of head and neck cancers
Zlámalová, Viktorie ; Šírová, Milada (vedoucí práce) ; Zíková, Martina (oponent)
Skvamózní karcinom hlavy a krku (HNSCC) představuje šestý nejčastější typ maligního onemocnění na světě. I přes mnohá zlepšení vycházející z vývoje operačních technik, radioterapie, chemoterapie a zobrazovacích technik, mají nádory hlavy a krku stále vysokou úmrtnost. Pro pacienty, kteří nebyli vyléčeni chirurgickým zákrokem či radioterapií, existuje už jen málo účinných možností léčby. Navzdory tomu, že nádory hlavy a krku tvoří velmi heterogenní skupinu, současná molekulární klasifikace je dělí pouze dle přítomnosti lidského papilomaviru (HVP) na pozitivní a negativní. Karcinomy hlavy a krku jsou charakteristické svou resistencí a vysokou mírou recidivy. Ztráta kontrolní dráhy spojené s p53 a častými změnami komponent v jeho intracelulární signální dráze, které jsou pozorovány v mnoha případech HNSCC, podporuje nekontrolovanou proliferaci. Bylo prokázáno, že běžné mutace v genomu HNSCC hrají hlavní roli v tumorigenezi, stejně jako v rezistenci vůči chemoterapii. Cílem práce je popsat důležité mechanismy u nádorů hlavy a krku, které jsou spojeny s mutacemi v receptoru epidermálního růstového faktoru a p53 nebo souvisejí se signálními drahami PI3K, Akt, mTOR a Notch. Experimentálními i klinickými pozorováními byla prokázána spojitost těchto drah s chemoresistencí k běžně užívaným lékům i k...
|
host ::
RSS.